Museum Zoologi ITB didirikan sekitar tahun 1950-an. Cikal bakal koleksi museum ini berawal dari hasil ekspedisi beberapa peneliti yang berasal dari Eropa seperti Prof. Poul Heegaard dan Prof. Walter Roepke ke berbagai wilayah di Indonesia pada tahun 1940-1950-an. Sebagian koleksi yang didapatkan dari ekspedisi tersebut kemudian disimpan di Departemen Biologi ITB (sekarang menjadi SITH ITB) sebagai salah satu cara untuk menunjang penelitian dan pendidikan biologi, khususnya dalam bidang zoologi.
Koleksi dan pengelolaan museum sejak tahun 1960-an hingga 2000-an kemudian dilanjutkan oleh mahasiswa dan dosen yang memiliki minat dalam bidang zoologi dan taksonomi seperti Max van Balgooy, Dr. Hidajat Sjarief Hardjasasmita, Prof. Soelaksono, Prof. Djoko Tjahjono Iskandar, dkk., Dr. Achmad Sjarmidi, Daru Yuli Setyanto, M.Si., serta Ganjar Cahyadi. Museum Zoologi ITB sempat mengalami beberapa kali pemindahan lokasi sebelum menetap di Kampus ITB Jatinangor saat ini.
Museum ini memiliki koleksi lebih dari 2200 spesimen hewan dari 1027 spesies: Invertebrata laut, ikan, amfibi, reptil, burung dan mamalia besar (lihat koleksi Museum Zoologi ITB). Museum ini juga memiliki beberapa koleksi fosil. Sebagian besar koleksi berasal dari wilayah Indonesia serta beberapa koleksi berasal dari hibah peneliti Amerika Serikat dan Eropa. Selain itu, koleksi juga berasal dari kerjasama dengan rumah sakit dan kebun binatang. Jumlah spesimen terus bertambah seiring dengan terus diadakannya penelitian mengenai biodiversitas. Museum Zoologi ITB juga memiliki beberapa koleksi buku kuno mengenai zoologi dan taksonomi hewan serta ilustrasi yang berkaitan dengan zoologi. Sekarang, Museum Zoologi ITB sedang fokus terhadap pengelolaan dan pengembangan koleksi saintifik. Museum ini juga memberikan jasa identifikasi dan determinasi hewan serta kunjungan untuk berbagai keperluan publik (lihat Layanan).