Museum Zoologi ITB didirikan sekitar tahun 1947-an. Cikal bakal koleksi museum ini berawal dari hasil ekspedisi  beberapa peneliti yang berasal dari Eropa seperti Prof. Poul Heegaard dan Prof. Walter Roepke ke berbagai wilayah di Indonesia pada tahun 1940-1950-an. Sebagian koleksi yang didapatkan dari ekspedisi tersebut kemudian disimpan di Departemen Biologi ITB (sekarang menjadi SITH ITB) sebagai salah satu cara untuk menunjang penelitian dan pendidikan biologi, khususnya dalam bidang zoologi.